Abdulkadir Konukoğlu Fen Lisesi’nin temeli 2005 yılında atılmıştır. 2005 – 2006 eğitim-öğretim yılında geçici adres olan Nigar Ertürk Lisesi’nin B blok binasında öğretime başlamıştır. 2006 – 2007 eğitim-öğretim yılının başında kendi binasında eğitimine devam etmiştir. 2009 yılında okulun pansiyon binası hizmete girmiş olup, 2013 yılında ise spor salonu faaliyete geçmiştir.
2014 yılının Haziran ayında okulun Anadolu Öğretmen Lisesi’nden Fen Lisesi’ne dönüşümü yapılmıştır.
